各个检测系统的算法区别并不大，只是数据库有多有少；除了万方以外，知网、维普、PaperPass都检测互联网及英文资料；软件界定抄袭的阈值设置不同，这些都会影响检测结果。
下面以知网（CNKI）的对比算法为例进行讲解。
1、知网检测采用模糊算法，整篇上传检测，格式对检测结果的影响几乎为0。
2、如果该论文有自动生成的目录，系统会将按论文章节分段检测，否则自动分段进行检测。
3、CNKI对界定抄袭的灵敏度阀值设为5%，以段落计，低于5%的抄袭或引用会被忽略。例如：某段有1000个字，单篇引用文献在50字以下是不会被检测出来的。
4、连续13个字相似或抄袭都会被红字标注，但是必须满足第3点里面的前提条件：即你所引用或抄袭的某篇文献总字数在检测段落中要超过5%。
维普通达的复写率算法（红色字体）和CNKI类似，但引用率的内嵌算法不合理，系统默认凡是参考文献上标所在的两个句号之间的文字都算是引用，会用蓝色字体标示出来，用来计算引用率。
PaperPass和知网检测系统比对算法相似，以句子为最小检测单位，也采用模糊算法（类似于杀毒软件的云查杀），加上PaperPass的数据库集万方、维普于一身，检测算法比知网还要严格，检测准确率达到了99%以上，检测结果往往偏高于知网7%左右。
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